Computational Modelling for Cardiac Electrophysiology: from Cell to Bedside

Elisa Passini

Dottorato: Bioingegneria
TutorStefano Severi

Elisa Passini - postdoctoral researcher @Department of Computer Science, University of Oxford (UK). Finalista del premio Claudio Bonivento 2016.

"Fare ricerca è sempre stato il mio sogno: la strada è tutta in salita, ma ho la passione dalla mia parte"

Abstract

Introduzione
L’arresto cardiaco è una delle cause principali di morte nel mondo. Tuttavia, i meccanismi cellulari responsabili delle aritmie non sono del tutto noti. Questo comporta spesso diagnosi tardive e una scarsa efficacia dei trattamenti farmacologici disponibili. Inoltre, i dati sperimentali umani sono limitati: gli esperimenti sono tipicamente eseguiti in vitro e/o in animali (coniglio, topo, cane).
La modellistica computazionale costituise un prezioso strumento in questo ambito, facilitando il passaggio dall’animale all’uomo, e portando a una migliore comprensione dei meccanismi pro-aritmici.
Lo scopo di questa tesi può essere riassunto come “dalla Cellula al Paziente”, cioè l’utilizzare modelli matematici per identificare il collegamento tra l’elettrofisiologia cellulare e il fenotipo osservato nel paziente.
Sono stati considerati tre diversi scenari clinici: variazioni elettrolitiche nel sangue, fibrillazione atriale durante dialisi, e cardiomiopatia ipertrofica, la malattia genetica cardiaca più diffusa.

Metodi
Modelli umani di singola cellula (atriali e ventricolari) disponibili in letteratura sono stati utilizzati e modificati quando necessario, per rappresentare adeguatamente i diversi contesti considerati. Questi modelli descrivono le correnti ioniche e i processi cellulari tramite equazioni differenziali ordinarie non lineari, che vengono risolte con tecniche di analisi numerica, e sono stati implementanti in Matlab e C++.

Risultati
I principali risultati di questa tesi sono stati: lo sviluppo di un nuovo modello ventricolare umano per riprodurre l’effetto delle variazioni di calcio sull’elettrofisiologia cardiaca; l’analisi dei meccanismi che portano all’innesco di fibrillazione atriale durante dialisi; l’identificazione dei meccanismi pro-aritmici chiave nella cardiomiopatia ipertrofica, suggerendo un nuovo potenziale trattamento farmacologico per questa malattia.

Conclusioni
Le osservazioni in vivo, gli esperimenti in vitro e le predizioni in silico possono essere combinate insieme per migliorare la conoscenza e la comprensione dell’elettrofisiologia cardiaca, collegando i meccanismi che agiscono a livello cellulare con il fenotipo clinico, in condizioni fisiologiche e patologiche, migliorando così la diagnosi e il trattameto dei pazienti.

Riassunto Divulgativo

Le malattie cardiache e cardiovascolari sono ad oggi la causa principale di morte nel mondo. Tuttavia, i meccanismi ionici responsabili a livello cellulare di aritmie cardiache non sono ancora del tutto conosciuti: questo porta spesso a diagnosi tardive, e a una minore o mancata efficacia delle terapie attualmente disponibili, lasciando anche numerose domande aperte per gli elettrofisiologi. Inoltre, la difficoltà di acquisizione dei dati sperimentali umani rimane ancora uno dei problemi più grandi in questo campo. Infatti, la maggior parte dei dati vengono raccolti in vitro e/o utilizzando modelli animali come coniglio, ratto o cane, sebbene l’obiettivo ultimo sia quello di una più completa comprensione del comportamento elettrico del cuore in vivo e nell’uomo, in condizioni fisiologiche e/o patologiche.

In questo contesto, la modellistica computazionale costituisce uno strumento indispensabile: infatti, le simulazioni (in silico) permettono di superare, almeno in parte, i limiti sperimentali, e di investigare i meccanismi ionici alla base di specifici fenomeni a diversi livelli (singola cellula, tessuto, intero cuore). Una volta validati sui dati sperimentali, i modelli matematici possono essere dunque utilizzati per fare predizioni, testare ipotesi e valutare l’efficacia di eventuali interventi farmacologici.

Lo scopo di questa tesi di dottorato è stato quello di applicare tecniche di modellistica matematica a problemi di elettrofisiologia cardiaca, concentrandosi in particolare a livello cellulare, e utilizzando quindi modelli di potenziale d’azione (PA) umano per investigare tre diversi scenari clinici:

  •   Variazioni elettrolitiche nel sangue (Na+, K+ e Ca2+), che possono verificarsi nei pazienti a causa di diverse patologie e/o terapie, con possibili conseguenze pro-aritmiche. Sono state considerate in particolare variazioni di Ca2+ e il loro effetto sulla durata del PA ventricolare, aspetto solitamente trascurato nei modelli a oggi disponibili. È stato sviluppato un nuovo modello di PA, integrando una nuova formulazione per la corrente di Ca2+ in un modello ventricolare già esistente: il modello ibrido così ottenuto costituisce uno strumento importante per esplorare i contesti clinici in cui le variazioni elettrolitiche possono verificarsi. Come esempio applicativo, sono stati analizzati dati sperimentali raccolti dall’Agenzia Spaziale Europea (ESA) per valutare l’eventuale rischio aritmico per gli astronauti durante i voli nello spazio. Questo studio è stato svolto in collaborazione con il Prof. Enrico Caiani (Dipartimento di Elettronica, Informazione e Bioingegneria, Politecnico di Milano, Italia).
  •   Variazioni elettrofisiologiche che avvengono durante la terapia dialitica. In questo contesto non si modificano soltanto le concentrazioni elettrolitiche ma anche la frequenza cardiaca, il volume cellulare e l’attività simpato-vagale. Poiché la fibrillazione atriale (FA) ha un’incidenza elevata nei pazienti in dialisi, sono stati considerati diversi modelli di PA atriale, confrontando le loro caratteristiche e la loro applicabilità nel contesto dialitico. Come esempio applicativo, è stato poi investigato il caso di una paziente che presentava FA parossistica in ogni seduta di dialisi, identificando i meccanismi ionici che portavano all’innesco della fibrillazione. Questo studio è stato svolto in collaborazione con la Dott.ssa Simonetta Genovesi e il Dott. Antonio Vincenti, (Dipartimento di Scienze della Salute, Università degli Studi di Milano-Bicocca, Italia).
  •   Cardiomiopatia ipertrofica (HCM), una malattia genetica caratterizzata da un alto rischio aritmico e causa principale di morte cardiaca improvvisa nei giovani adulti (<35 anni). Per tener conto della variabilità biologica che sembra avere un ruolo determinante in questa patologia, in particolare nella risposta individuale a un possibile trattamento farmacologico, è stato utilizzato un nuovo approccio computazionale: popolazioni di modelli. Questo studio è stato svolto durante un periodo di ricerca all’estero presso il Dipartimento di Computer Science dell’Università di Oxford, sotto la supervisione della Prof. Blanca Rodriguez, il Dott. Alfonso Bueno-Orovio, e la Dott.ssa Ana Mincholé, in collaborazione con il Dott. Raffaele Coppini e la Dott.ssa Elisabetta Cerbai (Università di Firenze).

Il filo conduttore di questa tesi può quindi essere riassunto come “Dalla Cellula al Paziente”: in tutti gli scenari analizzati, lo scopo principale è stato quello di correlare i cambiamenti elettrofisiologici a livello cellulare con il fenotipo osservato a livello macroscopico nel paziente, per identificare i meccanismi ionici che ne sono responsabilit e suggerire di conseguenza possibili approcci farmacologici. I risultati ottenuti hanno confermato l’importanza dei modelli matematici come supporto all’elettrofisiologia cardiaca, specialmente quando l’approccio in silico viene in sinergia con quello in vitro.